El auditorio de Naturactiva, con una capacidad de más de 300 personas, es una garantía de éxito a la hora de organizar un gran evento. La sala cuenta con un escenario y un completo equipamiento audiovisual, además de un hall y una terraza donde disfrutar de un coffee break. Para grupos más reducidos, frente al Ecosistema Polar se encuentra el Auditorio de Formación, con proyección en pantalla de cine, tomas de sonido, cabina y todo lo necesario para una reunión de trabajo de hasta 150 personas. La sala Darwin, en el área temática de Evolución, es el auditorio de menor aforo con 53 personas, perfecto para celebraciones más íntimas.
Faunia también dispone de cuatro salas polivalentes: el salón privado del Restaurante El Olivo con excelentes vistas a los jardines y al Lago de Faunia; La Pradera, un espacio al aire libre enclavado en el Ecosistema de Polos; El Madroño, con amplios ventanales que dan al Bosque Templado; o La Hacienda, un salón diáfano de estilo colonial de 800 metros cuadrados rodeado de jardines.